Quand on lance une activité de consultant, la comptabilité arrive rarement en tête des priorités. On pense offre, positionnement, premiers clients. Puis viennent la facture réglée avec deux mois de retard, le dépassement du seuil de TVA, la première déclaration de revenus. Trois ou quatre notions mal comprises coûtent vite du temps et de l'argent.
Je suis consultant SEO indépendant depuis 2012. Cet article rassemble ce que j'aurais aimé qu'on m'explique clairement au départ : la différence entre chiffre d'affaires, résultat et rémunération, les seuils réellement applicables aujourd'hui, ce qu'une facture doit contenir, et ce que l'administration attend en matière de tenue des livres. Précision utile dès maintenant : je ne suis pas expert-comptable, et ce texte n'est pas un conseil comptable personnalisé.
Commencer par le statut, avec quelqu'un en face de vous
Avant toute question de logiciel, il y a le choix du statut juridique et fiscal. Au démarrage, je me souviens avoir assisté à une réunion d'information à la CCI de Quimper : une matinée, gratuite, animée par des gens dont c'est le métier. J'en suis ressorti avec une vision bien plus nette qu'après des heures de lecture en ligne.
C'est le conseil que je continue de donner. Un professionnel voit tout de suite les points que vous ne vous posez pas : la protection de votre patrimoine, votre couverture sociale, le régime de TVA adapté à votre clientèle, la cohérence entre votre statut et vos ambitions de croissance.
Chiffre d'affaires, résultat, rémunération : trois chiffres différents
C'est la confusion la plus fréquente, et la plus coûteuse. Le chiffre d'affaires est ce que vos clients versent. Le résultat est ce qui reste après charges. Votre rémunération est ce qui arrive sur votre compte personnel, après cotisations et impôt. L'écart entre les deux extrémités est considérable.
Prenons un consultant en micro-entreprise relevant des bénéfices non commerciaux (BNC), activité libérale non réglementée. Les cotisations sociales s'élèvent à 25,6 % du chiffre d'affaires pour cette catégorie, selon la fiche officielle Cotisations sociales d'un micro-entrepreneur mise à jour au 1er janvier 2026. Côté fiscal, le régime micro-BNC applique un abattement forfaitaire pour frais professionnels de 34 %, avec un minimum de 305 € (fiche Régime fiscal de la micro-entreprise, mise à jour le 13 mai 2026).
| Ligne | Montant |
|---|---|
| Chiffre d'affaires encaissé sur l'année | 40 000 € |
| Cotisations sociales (25,6 %) | − 10 240 € |
| Frais professionnels réellement payés | − 4 000 € |
| Reste avant impôt sur le revenu et CFE | 25 760 € |
| Base imposable après abattement de 34 % | 26 400 € |
Deux enseignements. Sur 40 000 € facturés, il reste ici moins de 26 000 € avant impôt sur le revenu et cotisation foncière des entreprises. Et la base imposable retenue par l'administration (26 400 €) dépasse le reste réel : l'abattement de 34 % est une convention, pas un remboursement de vos dépenses. Si vos frais réels dépassent nettement 34 % du chiffre d'affaires, le régime micro cesse d'être avantageux.
TVA : les seuils qui s'appliquent réellement
Le sujet a été brouillé par les débats de 2025 sur un seuil unique de franchise en base fixé à 25 000 €. Cette réforme n'est pas entrée en vigueur : la fiche Franchise en base de TVA, vérifiée au 1er janvier 2026, indique que « la proposition issue de la loi de finances pour 2025 visant à instaurer un seuil unique de franchise en base de TVA de 25 000 € a été abandonnée ». Les seuils historiques restent donc la référence.
| Seuil | Montant | Effet du dépassement |
|---|---|---|
| Régime fiscal micro-BNC | 83 600 € | Sortie du régime micro si le seuil est dépassé au cours des deux années civiles précédentes |
| Franchise en base de TVA, seuil de base | 37 500 € | TVA due à compter du 1er janvier de l'année suivante |
| Franchise en base de TVA, seuil majoré | 41 250 € | TVA due dès le premier jour du dépassement |
La nuance entre les deux seuils mérite qu'on s'y arrête. Sous 37 500 €, vous ne facturez pas de TVA. Entre 37 500 € et 41 250 €, vous conservez la franchise jusqu'à la fin de l'année civile et devenez redevable au 1er janvier suivant. Au-delà de 41 250 €, la franchise tombe immédiatement : la facture qui fait franchir le seuil doit déjà porter la TVA. Pour un consultant qui signe une grosse mission en fin d'année, la différence n'est pas théorique.
Sortir de la franchise n'est pas une catastrophe : vous récupérez la TVA sur vos achats et vos clients professionnels la déduisent. Le vrai sujet est la charge administrative et l'effet sur les clients particuliers.
Facturer correctement : les mentions et la facture électronique
Une facture n'est pas un document libre. La fiche Mentions obligatoires sur une facture liste ce qui doit y figurer : date d'émission, numéro unique et séquentiel, identité et adresse du vendeur avec son SIREN, identité du client, date de la prestation, désignation détaillée avec quantités et prix unitaires, montants hors taxes et TTC, taux de TVA, numéros de TVA intracommunautaire au-delà de 150 € HT, date d'échéance, conditions d'escompte et taux des pénalités de retard.
Si vous relevez de la franchise en base, la facture doit porter la mention « TVA non applicable, art. 293 B du code général des impôts ». C'est une obligation, pas une formule de politesse : son absence expose à un redressement.
Où en est la facturation électronique
Le calendrier est désormais engagé. Selon la fiche Comment se mettre en conformité avec l'obligation de facturation électronique, mise à jour le 7 août 2026 : depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises, y compris les micro-entreprises, doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques. L'obligation d'émettre en électronique s'applique depuis la même date aux grandes entreprises et aux entreprises de taille intermédiaire, et s'appliquera aux PME et aux micro-entreprises au 1er septembre 2027.
Concrètement, il vous reste un an pour choisir une plateforme agréée et vérifier que votre outil de facturation s'y raccorde. Si vous travaillez avec des grands comptes, ils vous adressent déjà leurs factures au format électronique.
Délais de paiement et pénalités de retard
Le délai de paiement de droit commun entre professionnels est de 30 jours après exécution de la prestation. Les parties peuvent convenir de 45 jours fin de mois ou de 60 jours à compter de la date de facture, à condition de l'écrire dans le contrat ou les conditions générales de vente.
En cas de retard, deux mécanismes s'appliquent de plein droit. Les pénalités de retard, dont le taux ne peut être inférieur à trois fois le taux d'intérêt légal, et dont le taux supplétif correspond au taux de refinancement de la Banque centrale européenne majoré de 10 points. La fiche Délais de paiement entre professionnels et pénalités de retard, mise à jour le 7 août 2026, précise que « pour le 1er semestre 2026, le taux de refinancement en vigueur au 1er janvier est de 2,15 %, ce qui conduit à un taux de pénalités de 12,15 % ». S'y ajoute une indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement de 40 € par facture impayée.
Ces montants sont dus sans mise en demeure. Encore faut-il les avoir mentionnés dans vos conditions générales et sur vos factures, puis accepter de les réclamer. Dans ma pratique, rappeler le taux applicable dans une relance écrite règle une bonne partie des retards de complaisance.
Tenir ses livres : ce qui est réellement demandé
En micro-entreprise, la comptabilité est allégée mais pas inexistante. La fiche Obligations comptables du micro-entrepreneur, mise à jour le 7 septembre 2026, impose un livre des recettes tenu chronologiquement, mentionnant l'identité du client, le mode de règlement et les références de facture, avec des totaux trimestriels. Les encaissements inférieurs à 76 € auprès de particuliers peuvent être inscrits globalement en fin de journée. Un registre des achats s'ajoute pour les activités de vente et d'hébergement et pour les professionnels qui facturent la TVA.
Deux points sont souvent ignorés. Les pièces justificatives se conservent 10 ans à compter de la clôture de l'exercice. Et un compte bancaire dédié devient obligatoire lorsque le chiffre d'affaires annuel dépasse 10 000 € pendant deux années civiles consécutives. L'ouvrir dès le début, même sans obligation, évite d'avoir à trier ses dépenses personnelles au moment de remplir le livre des recettes.
Choisir un logiciel sans se piéger
Le logiciel de facturation est l'un des premiers achats à faire. Les offres en ligne démarrent à quelques dizaines d'euros hors taxes par mois pour les fonctions de base, et tout se fait dans le navigateur, ce qui évite la dépendance à un poste unique. Attention toutefois : le prix est souvent attractif à l'entrée et grimpe avec le volume de factures. Or changer d'outil après trois ans d'historique est pénible.
Les critères qui comptent, de mon point de vue : des comptables identifiés dans l'équipe de l'éditeur, un support joignable par téléphone en français, l'export de vos données dans un format lisible, et le raccordement annoncé à une plateforme agréée de facturation électronique. Posez cette dernière question avant de signer.
Ce qui vaut pour la comptabilité vaut pour le commercial : seuls des chiffres fiables permettent d'arbitrer. C'est la logique que j'applique côté acquisition, qu'il s'agisse de créer un site professionnel, de travailler sa visibilité locale ou son référencement naturel.
Ce que cet article ne remplace pas
Ce qui précède décrit un cadre général, vérifié auprès des publications officielles au 11 septembre 2026. Ce n'est pas un conseil comptable personnalisé : le choix entre micro-entreprise et société, l'option pour le versement libératoire ou le traitement des clients étrangers dépendent de variables que je n'ai pas.
Faites relire votre configuration par un expert-comptable, à la création puis à chaque changement d'échelle. Le coût d'une consultation est sans commune mesure avec celui d'une régularisation. Et revérifiez seuils et taux sur les sources officielles avant toute décision : ils bougent, parfois en cours d'année.
Questions fréquentes
Un consultant indépendant doit-il facturer la TVA ?
Pas nécessairement. Un prestataire de services bénéficie de la franchise en base de TVA tant que son chiffre d'affaires reste sous 37 500 €, avec un seuil de tolérance à 41 250 €. En dessous, il ne facture pas de TVA et ne la récupère pas sur ses achats. Au-delà du seuil majoré, il devient redevable dès le jour du dépassement.
Quelle mention faut-il porter sur une facture en franchise en base de TVA ?
La facture doit indiquer « TVA non applicable, art. 293 B du code général des impôts ». Cette mention est obligatoire et remplace l'indication d'un taux de TVA. Son absence peut être sanctionnée lors d'un contrôle, au même titre que l'oubli du numéro SIREN ou de la numérotation séquentielle des factures.
Quelles pénalités s'appliquent à une facture payée en retard entre professionnels ?
Les pénalités de retard sont dues de plein droit, sans mise en demeure. Leur taux supplétif correspond au taux de refinancement de la Banque centrale européenne majoré de 10 points, soit 12,15 % pour le premier semestre 2026. S'y ajoute une indemnité forfaitaire de 40 € pour frais de recouvrement, due une fois par facture impayée.
La facture électronique est-elle déjà obligatoire pour une micro-entreprise ?
Partiellement. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises françaises doivent être capables de recevoir des factures électroniques, micro-entreprises comprises. L'obligation d'émettre ses propres factures au format électronique ne s'appliquera aux PME et aux micro-entreprises qu'à partir du 1er septembre 2027. D'ici là, il faut choisir une plateforme agréée et vérifier la compatibilité de son outil de facturation.
Quels registres un micro-entrepreneur doit-il tenir ?
Un livre des recettes chronologique est obligatoire : il mentionne l'identité du client, le mode de règlement et les références de la facture, avec des totaux trimestriels. Un registre des achats s'ajoute pour les activités de vente et d'hébergement, ainsi que pour les professionnels assujettis à la TVA. Les pièces justificatives doivent être conservées pendant 10 ans à compter de la clôture de l'exercice.
Faut-il un compte bancaire dédié à son activité de consultant ?
Il devient obligatoire lorsque le chiffre d'affaires annuel dépasse 10 000 € pendant deux années civiles consécutives. En dessous de ce seuil, la loi ne l'impose pas. L'ouvrir dès le départ reste conseillé : cela sépare clairement les flux professionnels et personnels et simplifie la tenue du livre des recettes comme un éventuel contrôle.